Meskipun di depan publik NU dan Muhammadiyah sering dianggap berseberangan, tapi faktanya diantara tokoh dan petingginya sendiri terjalin keakraban dengan tetap menghormati perbedaan pandangan masing-masing.
Diantara tokoh Muhammadiyah yang pernah menyaksikan sisi “linuwih” Gus Dur adalah Syafii Maarif, mantan ketua umum PP Muhammadiyah dan Mukthie Fadjar seperti disampaikan oleh Mahfud MD dalam bukunya“Setahun Bersama Gus Dur: Kenangan Menjadi Menteri di saat Sulit”.